Apakah karena partai politik, atau organisasinya belum stabil, begitu seringnya tubuh Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) diterpa persoalan-persoalan Internal. Kali ini giliran Muhaimin Iskandar, sebagai ketua umum dewan tanfidz partai tersebut terkena sabotase dan dihentikan sementara oleh Gus Dur. Muhaimin, mengikuti nasib para pendahulu yang memimpin partai tersebut tidak dipercayakan lagi memimpin partai, karena disinyalir ia akan mencalonkan diri sebagai President pada pemilu 2009 mendatang. Dan tidak hanya Muhaimin, Gus Dur selaku ketua Dewan Syuro juga membekukan 40 pimpinan cabang dan wilayah (DPC/DPW) PKB se-Indonesia. Seperti diungkapkan Gus Dur pada saat menghadiri kampanye calon gubernur-wakil Gubernur Jabar, Agum Gumelar dan Nu’man Abdul Hakim, di kota Cirebon.
Posisi calon President dari PKB sepertinya masih belum ada ruang untuk berubah, karena posisi ini murni milik Gus Dur. Disamping itu, menurut isu yang berkembang, intrik-intrik yang ada dalam tubuh PKB belum akan selesai sebelum putri Gus Dur, Yeni Wahid memimpin partai, karena Yeni dipersiapkan dan karirnya memang di PKB. Dalam satu diskusi, ketua Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Fachry Ali menuturkan bawa PKB perusahaan milik keluarga. Tarik ulur di tubuh PKB sepertinya demi menyukseskan orang-orang dekat (keluarga) memimpin partai. Muhaimin sendiri adalah keponakannya Gus Dur, dan Yeni Wahid adalah target puncak untuk memimpin partai.
Muhaimin mengambil sikap yang tegas ditengah konflik internal PKB dengan mengeluarkan dekrit yang menegaskan bahwa tidak ada surat yang keluar dari PKB sebagai sah tanpa tandatangannya. “Saya mengeluarkan dekrit ini pada masa transisi, tidak ada surat PKB yang keluar tanpa tandatangan saya” tegas Muhaimin.
Berita yang dimuat harian Kompas (9/4/08), Muhaimin bertemu Gus Dur pada senin malam, dan meminta keponakannya dengan lapang dada menerima untuk mudur, dan posisinya sekarang sebagai wakil ketua DPR RI tidak akan di usik, seperti yang diutarakan salah satu anggota Dewan Syuro DPP PKB, KH Maman Imanul Haq Faqih.
Sementara itu, dari Fraksi Partai Golkar, Ferry Mursyidan Baldan mengatakan, konflik yang berkepanjangan di tubuh PKB saat ini bisa mengancam keikutsertaan Partai tersebut dalam pemilu 2009 mendatang. Jika ada dualisme kepemimpinan dalam tubuh partai PKB, maka ini akan menghambatnya dalam pendaftaran sebagai parpol peserta pemilu, berikut calon calon DPR/DPRD. Hal ini merujuk pada UU no.10 tentang pemilu anggota DPR, DPD dan DPRD. UU tersebut menyebutkan, Daftar bakal calon Anggota DPR diajukan kepada KPU dengan ditandatangani Ketua Umum dan Sekjen. (Dari berbagai sumber)